Miasto leży w krainie 44 wysp, których trzy są zamieszkiwane: Uznam, Wolin i Karsibór.
Uznam znajduje się centrum administracyjno-usługowe, dzielnica nadmorska wraz z obiektami turystyczno-uzdrowiskowymi. Tutaj mieszka 80% populacji Świnoujścia. Tylko 40 km2 wyspy należy do Polski, pozostała część, tj. 380 km2 znajduje się po niemieckiej stronie.
Wolin, o powierzchni 265 km2, to największa polska wyspa. Oddzielona jest od stałego lądu cieśniną Dziwną. Część Świnoujścia leżąca na wyspie Wolin (dzielnice Warszów, Przytór-Łunowo i Ognica) pełni funkcję dzielnicy przemysłowej; tu znajdują się  zakłady związane z gospodarką morską oraz węzły komunikacyjne- terminal promowy, dworzec PKP i PKS.
Karsibór – są tu doskonałe warunki do rozwoju agroturystyki, uprawiania wędkarstwa i sportów wodnych. Na północy wyspy utworzona została ostoja ptaków Karsiborska Kępa. Na powierzchni przeszło 180 hektarów występuje ok. 140 gatunków ptaków, w tym również gatunki bardzo rzadkie.
Jedyną łączność pomiędzy wyspami Wolin i Uznam stanowią dwie przeprawy promowe.

W zachodniej części miasta, na wyspie Uznam, przebiega granica polsko-niemiecka Świnoujście-Ahlbeck. Od Berlina dzieli Świnoujście zaledwie 160 km, do brzegów Szwecji jest 175 km, a do Danii 150 km.